La primera ermita data de 1556 y el primer templo de 1657 cuando manejaba el padre Jerónimo de Guevara y Troya y la construcción de la ermita, lideraba por don Agustín Rodríguez Zamora. En 1775 pasó a ser Capellanía.
La fama de este santuario se extendió a todos los rincones sociales, figuró por su importancia en el Diccionario Geográfico Histórico de las Indias Occidentales, en el que se lee que en Bogotá en 1787, había una ermita dedicada a Nuestra Señora de Egipto en la que están los religiosos de la Merced. Dos años más tarde se imprimió en Santa Fe de Bogotá la Novena Devotísima a la Santísima Virgen María, Madre de Dios y Señora Nuestra en su Destierro a Egipto, escrita por don José de el Gadillo y Garnica, capellán mayor de la Santa Iglesia dedicada a la huida a Egipto.
Una vez implantado el culto y devoción a la novena, este lugar se convirtió en paso obligado en las visitas a los santuarios de La Peña y Guadalupe, y empezó a compartir las festividades de la Semana Mayor con todos los habitantes del sector.
Parroquia patriota
En el siglo XIX, la parroquia y su barrio fueron protagonistas del movimiento patriota contra el Pacificador Pablo Morillo.
Junto a los paredones de la iglesia fue fusilado por orden del Virrey Juan Sámano Juan de la Cruz Molano de profesión chircalero, y enlace de Policarpa Salavarrieta en sus actividades por la liberación del yugo español.
En 1882 se amplió hasta darle sus proporciones actuales y era instituida como parroquia bajo el nombre de “ Nuestra Señora de Egipto”. En 1905 siendo párroco de Egipto el Presbítero Guillermo Ángel sustituyó muros de contención del atrio por unas escalinatas o graderías que se dividen en dos ramas y en su centro se ubicó la imagen de Nuestra Señora de Lourdes, talla de Colombo Ramelli.
Entre 1914 y 1930 la dirigió el párroco Julio César Beltrán quien mandó demoler la fachada de la iglesia para ampliar la nave y el atrio, dando inicio a las obras el 6 de agosto de 1915, para su reatauración se hicieron las pinturas de su cielo raso con obras de Acevedo Bernal, cubriendo desde el coro hasta el presbiterio. Durante ésta época de construcción se elaboraron seis pinturas en el cielo falso por Mauricio Ramelli Adreani sobre aspectos de la vida de La Virgen María, con sus respectivos casetones de figuras fitomorfas seguidas por las albanegas con pinturas de los apóstoles, arcos con diseños decorativos fitomorfos.
Monumento Nacional desde 1975.
Junto a los paredones de la iglesia fue fusilado por orden del Virrey Juan Sámano Juan de la Cruz Molano de profesión chircalero, y enlace de Policarpa Salavarrieta en sus actividades por la liberación del yugo español.
En 1882 se amplió hasta darle sus proporciones actuales y era instituida como parroquia bajo el nombre de “ Nuestra Señora de Egipto”. En 1905 siendo párroco de Egipto el Presbítero Guillermo Ángel sustituyó muros de contención del atrio por unas escalinatas o graderías que se dividen en dos ramas y en su centro se ubicó la imagen de Nuestra Señora de Lourdes, talla de Colombo Ramelli.
Entre 1914 y 1930 la dirigió el párroco Julio César Beltrán quien mandó demoler la fachada de la iglesia para ampliar la nave y el atrio, dando inicio a las obras el 6 de agosto de 1915, para su reatauración se hicieron las pinturas de su cielo raso con obras de Acevedo Bernal, cubriendo desde el coro hasta el presbiterio. Durante ésta época de construcción se elaboraron seis pinturas en el cielo falso por Mauricio Ramelli Adreani sobre aspectos de la vida de La Virgen María, con sus respectivos casetones de figuras fitomorfas seguidas por las albanegas con pinturas de los apóstoles, arcos con diseños decorativos fitomorfos.
Monumento Nacional desde 1975.
En 1989 la Fundación para la conservación y restauración del Patrimonio Cultural del Banco de la República realizó reparaciones y mejoras. Entre 1998 a 2002 la Facultad de Restauración de Bienes Muebles de la Universidad Externado de Colombia intervino las pinturas del cielo, así como molduras y modillones, mediante estudios y análisis bien estructurados.